Là huấn luyện viên của đội trẻ Barca, Sánchez chuyển đến Qatar vào năm 2006 và gia nhập Học viện bóng đá Aspire.[1] Năm 2013, ông được bổ nhiệm làm HLV của U19 Qatar và giành chức vô địch châu Á chỉ 1 năm sau đó.

Vào ngày 3 tháng 7 năm 2017, sau khi rời đội U20 và đến đội U23, Sánchez đã thay thế Jorge Fossati ở vị trí huấn luyện viên trưởng.[2] Ông đã dẫn dắt Qatar vô địch Cúp bóng đá châu Á 2019 bằng chiến thắng cả ba trận đấu vòng bảng và các trận đấu loại trực tiếp bao gồm chiến thắng 3-1 trước Nhật Bản trong trận chung kết, ghi 19 bàn và để thủng lưới một lần.[3] Ngoài ra, ông còn giúp Qatar lọt vào bán kết Cúp vàng CONCACAF 2021.

Sánchez chia tay tuyển Qatar sau khi đội bị loại ở vòng bảng FIFA World Cup 2022, giải đấu Qatar là chủ nhà. Vào ngày 11 tháng 3 năm 2023, ông trở thành huấn luyện viên trưởng đội tuyển bóng đá quốc gia Ecuador với bản hợp đồng có thời hạn 4 năm.